直人（森川智之 配音）和直也（石田彰 配音）是雾原家的两兄弟。由于拥有不同与常人的超能力，两人从很小的时候起就与养父御厨恭二郎（中村秀利 配音）与世隔绝居的住在荒无人烟的森林深处。也多亏了直人的陪伴，能够解读人心的直也才得以在这个充满黑暗和邪恶的世界中继续生活下去。御厨恭二郎的死解开了森林里的结界，毫无社会经验的兄弟两人流落到人心叵测的社会中区。要在这里生存，就得吃饭，想吃饭，就要先赚钱。因为自身的超能力，两人几番经历的惊险时刻，亏有神秘的少女双海翔子（渡边明乃 配音）出手相助才得以脱险。而就在两人渐渐适应社会生活的时候，他们发现，自己貌似被卷入了某个阴谋之中。
《暗夜起源》作为一部深度挖掘人性与超能力矛盾的动漫，以其独特的世界观和细腻的角色刻画，为观众带来了一场既压抑又引人深思的视听盛宴。影片中，雾原兄弟直人与直也的遭遇从一开始就充满了宿命感。他们因拥有超能力而被社会隔离，养父的去世成为他们踏入复杂现代社会的转折点。这种设定不仅构建了一个灰暗的未来图景，也为后续的剧情冲突埋下了伏笔。
直人的强大力量与直也的心灵感应能力，在影片中形成了鲜明对比。直人的暴力倾向与直也的敏感脆弱，不仅仅是个人性格的差异，更是对“异类”如何适应社会的深刻探讨。当他们在神秘少女双海翔子的帮助下逐渐接触外界时，每一次危机都像是对社会虚伪面纱的一次无情揭露。尤其是直也被迫面对人心深处的黑暗面时，那种无力感和恐惧几乎让人窒息。
影片的叙事结构巧妙地将超自然元素与现实主义情节相结合。从研究所的囚禁到都市中的逃亡，每一个场景转换都伴随着角色内心的挣扎与成长。例如，直人在得知自己被利用后的愤怒与绝望，或是直也在理解他人恶意后的痛苦抉择，这些情感爆发点不仅推动了故事发展，更让观众得以窥见角色灵魂的真实模样。
值得一提的是，影片并未回避社会的阴暗角落。无论是权力机构对超能力者的迫害，还是普通人对“非常态”的恐惧与排斥，都在无声控诉着现实世界的残酷逻辑。而双海翔子的存在，则像一道微光，既是对主角的救赎，也是对观众的一种慰藉——她证明了即便在最恶劣的环境中，仍存在不被污染的善意。
《暗夜起源》的魅力在于它拒绝给出简单的答案。当雾原兄弟最终直面那个由谎言与阴谋编织的巨大网络时，影片实际上在追问：所谓“正常”的社会，是否只是多数人对少数人的暴政？这个问题的答案，或许就藏在每个观众凝视深渊时的沉默里。